Nucleusはインストールは簡単ですが、バージョン3.22現在ではアンインストールを自動で行う機能はありません。

1. まずはFTPでサーバに置いているファイルを全部削除します。
2. 次に、phpmyadminなどで、データベース内に残っているNucleusで使用していたテーブルを手動で削除します。

参照先： http://japan.nucleuscms.org/bb/viewtopic.php?t=1745